作为高校管理者，更多让他们感到头疼的是办学经费的短缺。经费的短缺实际上是高校除行政化外的另一个焦点，引发了诸如大学学费是否应该上涨、研究生教育改革机制如何制定等现实问题。

　　呼吁国家增加高教拨款

　　全国人大代表、致公党中央副主席、河海大学副校长严以新教授表示，国家应该继续加大教育投入。据教育部公布的数字，1998年，国家对高等学校的生均投入为6775元，而2006年为5869元，比1998年还减少908元。考虑到10年期间物价的上涨，生均教育经费大约为1998年的一半。这表明高等教育的投入不足。而且，过去5年，我国GDP达到约90万亿元，而全国财政用于教育支出仅有2.34万亿元，教育投入远低于GDP的4%。因此，严以新代表建议，国家对高校的生均投入应该增大。

　　严以新分析，高校的资金来源主要是学生学费、贷款费用，以及国家投入。随着大学招生规模的扩大，高校必然需要大量的资金。然而，目前大学的学费不能再涨了，高校贷款也存在一些呆坏账问题，只有适当增加国家投入才是最可行的办法。

　　对于目前出现的一些高校大规模贷款无力偿还的问题，有人提出应该由国家予以承担。严以新认为，对于高校的欠债，国家应该承担其合理的一部分，因为国家对高教的发展承担着责任，而学生毕业后是对整个社会有贡献的。但是这个问题比较复杂，要对各个高校的招生人数，培养质量，生均投入情况进行评估，然后国家给予部分的补偿。但是，国家也不能全部承担，尤其一些高校超标准的建设是不能补偿的，否则一些学校可能会盲目扩张。

　　全国人大代表、中国工程院院士、大连理工大学校长欧进萍教授表示，在优先发展教育，继续建设高水平大学和重点学科的基础上，应增加预算内的财政拨款，使大学有一定自主支配运行经费的权力。这样，可以让大学根据自身优势和条件，确立适当的、有特色的发展道路。为此，应较大幅度增加大多数高校正常运行所依赖的生均经费额度。